1883年に創設された伝統球団で、創設時の名称はクエーカーズ。創設から一度もフィラデルフィアから本拠地を動かしていない。1915年に初のリーグ優勝を果たすも、1950年まで2度目のリーグ優勝から遠ざかるなど、低迷期が続いた。

　1976年からスティーブ・カールトンとマイク・シュミットが投打の軸となり、地区3連覇。1979年にその後のメジャー最多安打記録保持者となるピート・ローズがレッズから移籍し、1980年には創設98年目にして悲願の世界一に輝いた。1983年と、カート・シリングやレニー・ダイクストラらが活躍した1993年もリーグ優勝を果たすが、世界一には届かず。2003年以降は安定した成績を残しながらもなかなかブレーブスの壁を破れなかった。

　日本でもプレーしたチャーリー・マニエル監督就任3年目の2007年に、チェース・アットリーとジミー・ロリンズのメジャー屈指の二遊間、主砲ライアン・ハワード、強打のアーロン・ロワンド、エース左腕コール・ハメルズ、技巧派左腕ジェイミー・モイヤーらが中心となって14年ぶりに地区制覇。一方で、この年に全米プロスポーツ史上初となる通算1万敗を記録した。2008年には高い総合力で28年ぶりの世界一に輝き、ユーティリティーな働きを見せた田口壮も美酒に酔いしれた。

　2009年にもシーズン途中のトレードで左腕クリフ・リーを獲得し、安定した戦いぶりでリーグを制したが、ワールドシリーズではヤンキースに敗退。2010年にはロイ・ハラデー、シーズン途中で獲得したロイ・オズワルトらの強力先発陣で地区を制したが、ジャイアンツに敗れ、リーグ3連覇を逃した。2011年も前評判通りの強さで地区5連覇を果たしたが、カージナルスに地区シリーズで敗れた。

　2012年はハワードがアキレスけん手術で出遅れたほか、アットリーも故障の影響で不振に陥り、6年ぶりにプレーオフ進出を逃した。2013年には成績不振によりシーズン途中でマニエル監督が解任され、ハラデーもシーズン限りで引退。その後も低迷は続き、長く主力を務めたロリンズ、アットリー、ハメルズらを放出して再建期に入った。

　2018年にかつて巨人でもプレーしたゲーブ・キャプラー監督が就任。2015年のサイ・ヤング右腕ジェーク・アリエッタが加入したほか、エースのアーロン・ノラがサイ・ヤング賞投票で3位に入り、メジャー2年目のリース・ホスキンスが34本塁打を放つなど、浮上のきっかけをつかんだ。2018年オフにはオーナーの大型補強の号令のもと、オールスター遊撃手ジーン・セグラ、2013年のナ・リーグMVP外野手アンドルー・マカチェン、強肩強打俊足の捕手J.T.リアルミュートを獲得。さらにナショナルズからFAとなっていた外野手ブライス・ハーパーと当時のMLB史上最高額となる13年3億3000万ドルで契約。2019年は8年ぶりのプレーオフ進出を狙ったが、波に乗れず地区4位で終わった。

　2019年オフも大型補強策を続け、メッツからFAの右腕ザック・ウィーラー、ヤンキースからFAの遊撃手ディディ・グレゴリアスを獲得。2020年はかつてヤンキースを指揮したジョー・ジラルディ新監督の下で、名門復活を期す。