1883年に創設された伝統球団で、創設時の名称はクエーカーズ。1915年に初のリーグ優勝を果たすも、1950年まで2度目のリーグ優勝から遠ざかるなど、低迷期が続いた。

　1976年からスティーブ・カールトンとマイク・シュミットが投打の軸となり、地区3連覇。1979年にレッズからその後のメジャー最多安打記録保持者となるピート・ローズが移籍し、1980年には創設98年目にして悲願の世界一に輝いた。1983年と、カート・シリングやレニー・ダイクストラが活躍した1993年もリーグ優勝を果たすが、世界一には届かなかった。

　2003年以降は安定した成績を残すも、なかなかブレーブスの壁を敗れなかったが、日本でもプレーしたチャーリー・マニエル監督就任3年目の2007年にチェース・アットリーとジミー・ロリンズのメジャー屈指の二遊間、若き主砲ライアン・ハワード、強打のアーロン・ロワンド、エース左腕コール・ハメルズ、技巧派左腕ジェイミー・モイヤーらが中心となって14年ぶりに地区制覇。一方で、この年に全米プロスポーツ史上初となる通算1万敗を記録した。2008年には高い総合力で28年ぶりの世界一に輝き、ユーティリティーな働きを見せた田口壮も美酒に酔いしれた。

　2009年にもシーズン途中のトレードで左腕クリフ・リーを獲得し、安定した戦いぶりでリーグを制したが、ワールドシリーズではヤンキースに敗退。2010年にはロイ・ハラデー、シーズン途中で獲得したロイ・オズワルトらの強力先発陣で地区を制したが、ジャイアンツに敗れ、リーグ3連覇を逃した。2011年も前評判通りの強さで地区5連覇を果たしたが、カージナルスの前に地区シリーズで敗れた。

　2012年はハワードがアキレスけん手術で出遅れたほか、アットリーもケガの影響で不振に陥り、6年ぶりにプレーオフ進出を逃した。2013年には成績不振によりシーズン途中でマニエル監督を解任し、ハラデーもシーズン限りで引退。その後も低迷は続き、長く主力を務めたロリンズ、アットリー、ハメルズらを放出して再建期に入った。

　かつて巨人でもプレーしたゲーブ・キャプラー監督が指揮を執った2018年になると、地区3位とようやく上昇の兆し。エースのアーロン・ノラがサイ・ヤング賞投票で3位に入り、メジャー2年目のリース・ホスキンスが34本塁打を放つなど、投打の骨格が形成されてきた。2018年オフにはオールスター遊撃手ジーン・セグラをマリナーズから、2013年のナ・リーグMVP外野手アンドルー・マカチェンをヤンキースから、強肩強打俊足の捕手J.T.リアルミュートをマーリンズから、それぞれ獲得。黄金期再来へ向けて戦力を強化している。