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　ナ・リーグの拡張球団コルト45sとして1962年に創設。65年にアストロズと改名してからも下位をさまようことが多かったが、80年にナックル投手ジョー・ニークロ、豪腕ノーラン・ライアンを中心とした強力投手陣を擁して初の地区制覇を達成した。

　86年にも、後に阪神でプレーする大砲グレン・デービスらを擁して地区優勝。97年からはラリー・ダーカー監督の指揮で地区3連覇するが、プレーオフではことごとく敗退した。しかし、ワイルドカードでプレーオフに駒を進めた2005年はカージナルスを相手に前年の雪辱を果たし、ついにナ・リーグ優勝に手が届いた。

　だが、ワールドシリーズではホワイトソックスに4連敗。“キラーB's”と恐れられた強打者たちも、大砲ジェフ・バグウェルと強打の二塁手クレイグ・ビジオが次々と引退し、ランス・バークマンも2010年途中に放出された。急速な若返りの結果として弱体化は否めず、2011年からは2年連続で100敗以上というチーム史上最悪の事態を迎えた。

　2013年からはナ・リーグ中地区からア・リーグ西地区へ移動。この結果、主に6月にまとめて開催されていたインターリーグはシーズンを通じて行われることになった。ロゴもユニフォームも一新して迎えた2015年、若手中心のチームが前評判を覆し、ワイルドカードで地区シリーズまで進出。10年ぶりのポストシーズンを戦うなど新たな歴史の到来を予感させた。そして2017年、野手ではホセ・アルテューベやカルロス・コレア、投手ではダラス・カイケルらがチームをけん引し、球団史上初となるワールドシリーズ制覇を成し遂げた。