球団創設は1882年。1887年にアレゲニーズとしてナ・リーグに加盟し、1891年から現在の名称となる。桑田真澄が最後にユニホームを着たチームで、2007年に在籍した。

　1901年からリーグ3連覇を果たし、1903年の第1回ワールドシリーズではボストン・アメリカンズ(現レッドソックス)と世界一の座を争った。1909年にはタイガースを下して初めてワールドシリーズを制覇し、1925年に2度目の世界一に輝く。

　1927年のリーグ優勝を最後に低迷期に入るも、1960年にビル・マゼロスキーの劇的サヨナラ本塁打でヤンキースを下して35年ぶり3度目の世界一に立った。1971年にはロベルト・クレメンテの活躍でワールドシリーズを制したが、1972年にクレメンテが飛行機事故により悲劇の死を遂げる。それでも1970年代は6度の地区優勝を果たし、1979年にはウィリー・スタージェルらの活躍で5度目の世界一に到達した。

　1980年代に入ってから低迷するも、1986年にジム・リーランド監督が就任し、大型ルーキーのバリー・ボンズがデビュー。1990年には主力に成長したボンズと、1986年途中から加わったボビー・ボニーヤらの活躍で地区優勝。1992年まで地区3連覇を果たした。

　しかし、ボンズがジャイアンツへ移籍したのと歩調を合わせるように、1993年以降は再びポストシーズンとは無縁となる。そして2012年までアメリカのプロスポーツ史上初の20年連続負け越しという不名誉な記録を作った。

　そんな暗黒時代の中でアンドルー・マカチェンら生え抜きの選手が成長し、2013年にワイルドカードで21年ぶりにポストシーズンへ進出。2015年まで3年連続でポストシーズン到達を果たした。しかし、そんな安定期も長くは続かず、2017年オフには攻撃の中心マカチェンを、2011年のドラフト全体1位でエースのゲリット・コールを、それぞれ放出した。

　2018年はチーム打率がリーグ6位ながらもチーム本塁打数がリーグ13位と、大砲不足が浮き彫りとなり、地区4位で終了。2019年も課題は克服されず、チーム打率はリーグ3位ながらチーム本塁打数はリーグ14位。さらにチーム防御率は前年の4.00から5.18へと一気に悪化。地区最下位に沈み、2011年から指揮を執ってきたクリント・ハードル監督もチームを去った。

　デレク・シェルトン新監督が就任した2020年は不動の中堅手だったスターリング・マルテをトレードで放出。大きな補強もなく現有戦力の底上げでシーズンに突入するも、開幕直後から低迷。特に打撃陣の戦力不足は顕著で、チーム打率はリーグ14位、チーム得点はリーグ最下位と貧打に泣き、勝率は両リーグワーストの.317。苦戦が予想された前評判を覆すことはできず、2年連続で地区最下位に沈んだ。

　そんな中で数少ない収穫となったのが、シーズン終盤にメジャーに昇格し、24試合ながら打率.376、5本塁打をマークし、9月の月間最優秀新人に選出されたケブライアン・ヘイズと、クローザーで4セーブを挙げたリチャード・ロドリゲス。メジャー2年目で防御率2点台と安定した先発右腕ミッチ・ケラー、中軸としてチーム最多の10本塁打を放ったコリン・モランらとともに、チームの骨格を担う存在として存在感を発揮した。

　2021年はチーム再建を選択し、先発ローテーションからジョー・マスグローブと右肘手術からの復活が期待されていたジェームソン・タイオン、打撃陣から2019年に37本塁打を放ったジョシュ・ベルという投打の主力を放出。投手陣はケラーのさらなる成長を期待し、右腕チャド・クール、ミュージカルアルバムで歌手デビューを果たした異色の才能を持つ左腕スティーブン・ブロールト、右腕コディ・ポンセらの先発陣と、ロドリゲス、クリス・ストラットンらの救援陣で臨む。打線はモラン、ヘイズ、正捕手で守備力が高いジェイコブ・ストーリングス、チーム生え抜きのアダム・フレイジャー、2019年にともに打率3割をマークしたブライアン・レイノルズ、ケビン・ニューマンらで形成する。将来への希望として何よりも若手の台頭が待たれる。