1887年にアルゲニーズとしてナ・リーグに加盟し、1891年から現在の名称となる。桑田真澄が最後にユニホームを着たチームで、2007年にプレーした。

　1901年からリーグ3連覇を果たし、1903年の第1回ワールドシリーズではボストン・アメリカンズ(現レッドソックス)と世界一を争った。1909年にはタイガースを下して初めてワールドシリーズを制覇し、1925年に2度目の世界一に輝く。

　1927年のリーグ優勝を最後に低迷期に入るも、1960年にビル・マゼロスキーの劇的サヨナラ本塁打でヤンキースを下して35年ぶり3度目の世界一に立った。1971年にはロベルト・クレメンテの活躍でワールドシリーズを制したが、1972年にクレメンテが飛行機事故により悲劇の死を遂げる。それでも1970年代は6度の地区優勝を果たし、1979年にはウィリー・スタージェルらの活躍で5度目の世界一に到達した。

　1980年代になると低迷するも、1986年にジム・リーランド監督が就任し、大型ルーキーのバリー・ボンズがデビュー。1990年には主力に成長したボンズと、1986年途中から加わったボビー・ボニーヤらの活躍で地区優勝。1992年まで地区3連覇を果たした。

　しかし、ボンズがジャイアンツへ移籍したのと歩調を合わせるように、1993年以降は再びプレーオフとは無縁となる。そして2012年までアメリカのプロスポーツ史上初の20年連続負け越しという不名誉な記録を作った。

　そんな暗黒のシーズン続きの中でアンドルー・マカチェンら生え抜きの選手が成長し、2013年にワイルドカードで21年ぶりにプレーオフへ進出。2015年まで3年連続のポストシーズン到達を果たした。しかし、そんな安定期も長くは続かず、2016年以降はプレーオフから遠ざかり、2017年オフには攻撃の中心マカチェンを、2011年のドラフト全体1位でエースのゲリット・コールを、それぞれ放出。2018年はチーム打率リーグ4位ながらチーム本塁打数はリーグ13位と、大砲不足が浮き彫りとなった。

　スターリング・マルテ、グレゴリー・ポランコらの打撃陣、トレバー・ウィリアムズ、ジェームソン・タイヨン、2018年途中に加入したクリス・アーチャーらの投手陣を中心に、就任9年目のクリント・ハードル監督の下、4年ぶりのプレーオフ進出を目指す。