1876年にホワイトストッキングスの名称で創設され、発足メンバーとしてナ・リーグに加盟。コルツ、オーファンズを経て、1903年から現在の名称となった。ナ・リーグ1年目にいきなり優勝を果たすなど、1800年代に6度のリーグ優勝を誇り、1907年からは2年連続でワールドシリーズを制覇した。

　その後もメジャー有数の強豪球団に君臨するも、1910年、1918年、1929年、1932年、1935年、1938年、1945年と、ことごとくワールドシリーズで敗退。1945年のタイガースとのワールドシリーズでは、2勝1敗とリードして迎えたホームゲームで、ヤギを連れたカブスファンが入場を拒否される「事件」が発生。結局、逆転でタイガースに敗れて以降、世界一どころかリーグ優勝からも長く見放されることになった。こうして「ヤギの呪い」が生まれた。

　ようやく復活の兆しが見えたのは1980年代。1984年にライン・サンドバーグやリック・サトクリフらの活躍で地区優勝。1989年にもグレッグ・マダックスらの台頭で地区優勝を果たし、1998年には強打者サミー・ソーサらの活躍でワイルドカードに滑り込むが、いずれもヤギの呪いは解けなかった。

　ダスティ・ベイカー監督が就任した2003年にはマーク・プライアー、カルロス・ザンブラノらの強力先発陣を擁して地区優勝。ルー・ピネラ監督が就任した2007年にはアルフォンソ・ソリアーノ、アラミス・ラミレス、デレク・リーらによる強力打線で地区制覇。福留孝介が加入した2008年にも地区制覇を果たしたが、相変わらずリーグ優勝の壁は破れなかった。

　2013年から2年連続地区最下位に沈むも、ジョー・マッドン監督が就任した2015年に若手有望株のクリス・ブライアントがデビュー。主砲アンソニー・リゾ、新加入の左腕ジョン・レスター、2013年途中にオリオールズから獲得したジェーク・アリエッタらの活躍によりワイルドカードでポストシーズンに進出。ブライアントが主力に成長した2016年には圧倒的強さで中地区を制し、ドジャースを破って71年ぶりにリーグ制覇。そして4勝3敗でインディアンスを破って108年ぶりにワールドシリーズを制覇し、ようやくヤギの呪いから解放された。

　2017年も地区優勝、ダルビッシュ有が加入した2018年もワイルドカードゲームに進出したが、2019年は地区3位に終わり、ワイルドカードにも届かず。5年ぶりにポストシーズン進出を逃し、名将マッドン監督も退任した。

　2020年はカブスの元捕手デービッド・ロスが新監督に就任。2019年途中にトレードで加入したニック・カステラノスが退団した打線は、ブライアント、カイル・シュワバー、ハビエル・バエス、リゾら主力がそろって不振。一方で、最多勝に輝いたダルビッシュ、右腕カイル・ヘンドリックスらの先発陣が奮闘し、クローザーのキンブレルの不振もジェレミー・ジェフレスが代役を務め、3年ぶりに地区優勝を果たした。しかし、ワイルドカードシリーズではマーリンズに連敗。ここでも2試合で1得点と、打撃陣の不振が深刻だった。

　2020年オフはFA市場から右腕シェルビー・ミラーを獲得するも、大型トレードでダルビッシュをパドレスに放出したほか、先発ローテーションからジョン・レスター、タイラー・チャットウッド、ホセ・キンタナを含めて4枚も抜けた。投手陣はヘンドリックス、ダルビッシュとのトレードで獲得した右腕ザック・デービーズ、新加入の右腕トレバー・ウィリアムス、2015年のサイ・ヤング賞右腕で4年ぶりのチーム復帰となるジェーク・アリエッタらが先発陣を形成し、クローザーはキンブレルの復調に期待。2020年に一時クローザーを務めたローワン・ウィックがセットアッパーを担う。打撃陣はチームの顔でもあるブライアント、リゾ、バエス、2020年にチーム最多の12本塁打を放ったイアン・ハップ、強肩強打の左打者ジェーソン・ヘイワード、前ドジャースで2019年に36本塁打を放った外野手ジョク・ピダーソンらが中心。また、ダルビッシュの専属捕手ビクトル・カラティニもパドレスに放出したため、正捕手ウィルソン・コントレラスのバックアップとしてオースティン・ロマインを獲得した。

　ダルビッシュ放出は人件費削減の一環とされており、チーム状況次第ではシーズン中にさらに大幅な刷新に動く可能性もある。