1876年にホワイトストッキングスの名称で創設され、発足メンバーとしてナ・リーグに加盟。コルツ、オーファンズを経て1902年から現在の名称となった。ナ・リーグ1年目にいきなり優勝を果たすなど、1800年代に6度のリーグ優勝を誇り、1907年からは2年連続でワールドシリーズを制覇した。

　その後もメジャー有数の強豪球団に君臨するも、1910年、1918年、1929年、1932年、1935年、1938年、1945年と、ことごとくワールドシリーズで敗退。1945年のタイガースとのワールドシリーズでは、2勝1敗とリードして迎えたホームゲームで、ヤギを連れたカブスファンの観客が入場を拒否される「事件」が発生。以降、世界一どころかリーグ優勝からも長く見放され「ヤギの呪い」と呼ばれることになった。

　ようやく復活の兆しが見えたのは1980年代。1984年にライン・サンドバーグやリック・サトクリフらの活躍で地区優勝。1989年にもグレグ・マダックスらの台頭で地区優勝を果たし、1998年には強打者サミー・ソーサらの活躍でワイルドカードに滑り込むが、いずれもヤギの呪いは解けなかった。

　ダスティ・ベイカー監督が就任した2003年にはマーク・プライアー、カルロス・ザンブラノらの強力先発陣を擁して地区優勝。ルー・ピネラ監督が就任した2007年には福留孝介、アルフォンソ・ソリアーノ、アラミス・ラミレス、デレク・リーらによる強力打線で地区制覇。2008年にも地区連覇を果たしたが、相変わらずリーグ優勝の壁は破れなかった。

　2013年から2年連続地区最下位に沈むも、ジョー・マッドン監督が就任した2015年に有望株のクリス・ブライアントがデビュー。主砲アンソニー・リゾ、オフに獲得した左腕ジョン・レスター、2013年途中にオリオールズから獲得したジェーク・アリエッタらの活躍でワイルドカードでプレーオフ進出。そしてブライアントが主力に成長した2016年には圧倒的強さで中地区を制し、ドジャースを破って71年ぶりにリーグ制覇。4勝3敗でインディアンスを破って108年ぶりにワールドシリーズを制覇し、ようやくヤギの呪いから解放された。

　2017年以降もワールドシリーズには届かなかったものの、プレーオフ進出の常連となっている。2018年にリーグ1位のチーム打率をマークした打線はブライアント、リゾ、ハビエル・バエスらが中心。同リーグ2位のチーム防御率をマークした投手陣はレスター、カイル・ヘンドリックスら力のある先発投手を有する。2018年に不本意な結果に終わったダルビッシュ有らの奮起が世界一奪還には不可欠。