1969年の球団拡張でシアトル・パイロッツとして誕生し、当初はア・リーグに所属していた。しかし、わずか1年で経営に行き詰まり、のちにMLBコミッショナーとなるバド・セリグ氏が球団を買収してビールで有名なミルウォーキーへ移転し、醸造者を意味するブリュワーズに改称した。

　ストライキによって前後期制となった1981年に後期優勝を果たし、1982年にはロビン・ヨーント、ポール・モリター、セシル・クーパー、ゴーマン・トーマスらの強力打線で初のリーグ優勝を果たした。1985年には江夏豊がキャンプに参加したが、メジャー入りは果たせず、そのままユニホームを脱いだ。

　球団拡張に伴って1998年からナ・リーグに編入。2001年には新球場がオープンするも低迷が続き、2002年から3年連続で地区最下位に沈んだ。ようやく低迷ムードから脱したのは2008年。プリンス・フィルダーとライアン・ブラウンの大砲コンビ、シーズン途中で獲得した左腕C.C.サバシアらの活躍により、ワイルドカードでプレーオフに進出した。

　ザック・グリンキー、ショーン・マーカムら先発陣を補強して迎えた2011年は、ブラウンがリーグMVPに輝く活躍などでナ・リーグ編入後初となる地区優勝。しかし、リーグ優勝決定シリーズでカージナルスに敗れ、史上初の両リーグからのワールドシリーズ進出はならず、オフにはフィルダーを放出した。

　青木宣親が加入した2012年は、ブラウンが本塁打王、さらに2年連続のトリプルスリーを達成するも地区3位に終わり、2013年途中にはブラウンが薬物違反により出場停止処分を受けてチームも優勝争いに加わることができなかった。

　2017年になるとドミンゴ・サンタナ、トラビス・ショー、エリク・テムズの30発トリオの活躍などで地区2位に入り、クレイグ・カウンセル監督就任4年目の2018年にはオフの積極補強が成功して7年ぶりの地区制覇。移籍1年目のクリスチャン・イエリチが首位打者に輝き、リーグトップに2差の36本塁打、リーグトップに1差の110打点と、三冠王に迫る活躍を見せてMVPを受賞した。

　2019年も充実期は続き、リーグ2位の37セーブをマークしたクローザーのジョシュ・ヘイダーを中心にブルペン陣が安定。打線もイエリチの44本塁打を筆頭に、35本塁打のマイク・ムスタカス、28本塁打のヤスマニー・グランダル、25本塁打のテムズらが長打力を発揮。メジャー1年目の二塁手ケストン・ヒウラも打率.303、19本塁打をマークしてレギュラーに定着。ワイルドカードゲームでナショナルズに敗れるも、2年連続でプレーオフ進出を果たした。

　2019年オフにムスタカス、グランダル、テムズが退団したものの、三塁手候補としてエリク・ソガード、正捕手候補としてオマー・ナルバエス、左翼手候補としてアビサイル・ガルシア、一塁手候補としてジャスティン・スモークを獲得。ベテランとなったブラウンは左翼手と一塁手を兼任する予定。ブランドン・ウッドラフ、エイドリアン・ハウザー、新加入のブレット・アンダーソンらの先発陣次第では、ア・リーグ時代以来の38年ぶりのリーグ制覇も視界に入ってくる。