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　NBA（全米バスケットボール協会）フェニックス・サンズのオーナーでもあったジェリー・コランジェロ氏の強い働きかけで、1998年の球団拡張で誕生。1年目こそ65勝97敗で地区最下位に終わったが、2年目は100勝を挙げて早くも地区優勝を飾った。

　2001年にはランディ・ジョンソンとカート・シリングの2枚看板を擁し、2度目の地区優勝。ワールドシリーズにも進出し、4連覇を狙うヤンキースを破って世界一に。チーム創設4年目でのワールドチャンピオンは史上最速だった。

　2002年にも地区優勝を果たすが、シリングが去った後の2004年は球団ワーストの111敗を記録し、地区最下位に。その後はジョンソンも移籍するなど大幅に戦力が入れ替わり、復活の兆しを見せていた2007年にはユニホームとロゴマークを一新した。シーズンに入るとヤンキースから復帰したジョンソンが故障で早々に離脱してしまうが、エースのブランドン・ウェブを筆頭に投手陣が奮起し、終わってみればリーグ最高勝率で5年ぶりの地区優勝を成し遂げた。

　2009年からは2年連続で地区最下位。2011年も前評判は高くなかったが、最多勝に輝いたイアン・ケネディやチーム最多アーチを記録したジャスティン・アップトンなど若い才能がチームをけん引し、独走で地区制覇。そして2013年はポール・ゴールドシュミットが打撃二冠と大ブレークし、浮上のきっかけをつかんだに思えた。しかし、2014年以降は低迷が続いている。