モントリオール・エクスポズ(現ワシントン・ナショナルズ)に次いで、1977年にカナダ2番目の球団として誕生。2005年以降、米国以外に本拠地を置く唯一の球団となっている。

　創設から5年連続で地区最下位という屈辱を味わったが、パット・ギリックGMが獲得したドミニカ共和国の若手選手たちが開花し、1982年に就任したボビー・コックス監督の手腕の下、1985年に初の地区優勝。現在の本拠地ロジャーズ・センター(当時スカイドーム)がオープンした1989年、1991年も地区優勝を果たして上位チームの常連となり、ロベルト・アロマー、ジョン・オルルド、ポール・モリターらの活躍で、1992年からワールドシリーズ連覇を成し遂げた。

　しかし、1994年以降は再び長期の低迷期に突入。地盤を作ったギリックGMもチームを去り、2003年に22勝を挙げたロイ・ハラデーやブルージェイズ在籍時代に8年連続30本塁打を放ったカルロス・デルガドら名選手を擁しながらも結果は出なかった。

　転機となったのは2010年からチームを任されたアレックス・アンソポロスGMのチーム改造。2010年はホセ・バティスタが本塁打王を獲得し、チームの主力に成長。さらに積極的に大型補強を行い、2014年オフにはジョシュ・ドナルドソンを獲得。2015年はそのドナルドソンがMVPに輝く活躍でジョン・ギボンズ監督の下、22年ぶりに地区優勝を果たした。

　2016年もワイルドカードでポストシーズン進出を果たしたが、2017年からは再び低迷。2016年オフには強力打線の一角エドウィン・エンカーナシオンを、2017年オフには同じくバティスタを放出。2015年途中にトレードで獲得した遊撃手トロイ・トロウィツキーも期待にこたえられず、全休に終わった2018年のシーズン後に放出された。

　2019年はチャーリー・モントーヨ新監督の下、3割打者なしで終わったシーズンからの再建を図ったが、投手陣はマーカス・ストローマン、トレント・ソーントンらの6勝が最高。打線も31本塁打のランドル・グリチェクをはじめ、チーム本塁打247はリーグ5位だったが、チーム打率.236は両リーグワースト。95敗を喫して地区4位に終わった。

　4年ぶりのポストシーズン進出を目指して、2019年オフには積極的に補強を敢行。サイ・ヤング賞候補にも挙がったドジャースからFAの左腕・柳賢振、巨人から山口俊、阪神からラファエル・ドリス、アスレチックスからFAの右腕タナー・ロアーク、トレードでブリュワーズから右腕チェース・アンダーソン、マリナーズを退団した右腕アンソニー・バスらを獲得し、投手陣を整備。そして柳賢振がエースとして活躍し、クローザーのケン・ジャイルズが故障で離脱した代役をドリスやバスといった日本球界経験者が埋めた。打撃陣もテオスカー・ヘルナンデスが本塁打王争いに加わり、ルルデス・グリエルがリーグ6位の打率を残し、メジャー2年目の内野トリオ、ウラジーミル・ゲレロJr、ボ・ビシェット、キャバン・ビジオが成長。地区3位ながらポストシーズン進出を果たした。ワイルドカードシリーズではレイズに敗れたものの、本拠地トロントで公式戦を開催できないハンディを抱えながら育成と結果を両立したシーズンとなった。

　上昇気流に乗った2021年は6年ぶりの地区優勝へ向けて大補強を敢行。アストロズからFAの外野手ジョージ・スプリンガー、アスレチックスからFAの遊撃手マーカス・セミエンと、長打力のある右打者2人を獲得。2020年チーム打率＆チーム本塁打ともリーグ4位の打線のさらなるアップグレードに成功した。投手陣では2019年のセーブ王で前パドレスのカービー・イェイツを獲得し、救援陣の層も厚くなった。柳賢振、若手有望株チーム1位の右腕ネイト・ピアーソン、ロアーク、左腕ロビー・レイらが先発ローテーションを形成し、ドリス、右腕ジョーダン・ロマノらがクローザーのイェイツにつなぐ。一方でスプリングトレーニング前に山口を戦力外とした。

　ハイレベルのア・リーグ東地区の中で、おそらくもっとも意欲的にこのオフの補強に取り組み、2021年に勝負を懸けたのがブルージェイズ。投手陣次第では28年ぶりのリーグ優勝も夢ではない。