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　モントリオール・エクスポズ(現ワシントン・ナショナルズ)に次いで、1977年にカナダ2番目の球団として誕生。2005年以降、米国以外に本拠地を置く唯一の球団となっている。

　創設から5年連続で地区最下位という屈辱を味わったが、パット・ギリックGMが獲得したドミニカ共和国の若手選手たちが開花し、1982年に就任したボビー・コックス監督の手腕の下、1985年に初の地区優勝。現在の本拠地ロジャース・センター(当時スカイドーム)がオープンした1989年、1991年も地区優勝を果たして上位チームの常連となり、ロベルト・アロマー、ジョン・オルルド、ポール・モリターらの活躍で、1992年から2年連続でワールドシリーズ制覇を成し遂げた。

　だが、1994年以降は再び長期の低迷期に突入。地盤を作ったギリックGMもチームを去り、2003年に22勝を挙げたロイ・ハラデーやブルージェイズ在籍時代に8年連続30本塁打を放ったカルロス・デルガドら名選手を擁しながらも結果は出なかった。

　転機となったのは2010年からチームを任されたアレックス・アンソロポスGMのチーム改造。2010年はホセ・バティスタが本塁打王を獲得し、チームの主力に成長。さらに積極的に大型補強を行い、2014年オフにはジョシュ・ドナルドソンを獲得。2015年はそのドナルドソンがMVPに輝く活躍でジョン・ギボンズ監督の下、22年ぶりに地区優勝を果たした。

　2016年もプレーオフ進出を果たしたが、2017年からは再び低迷。2016年オフには強力打線の一角エドウィン・エンカーナシオンを、2017年オフには同じくバティスタを放出。2015年途中にトレードで獲得した遊撃手トロイ・トゥロウィツキーも期待にこたえられず、全休に終わった2018年のシーズン後に放出された。

　2019年はチャーリー・モントーヨ新監督の下、3割打者なしで終わったシーズンからの再建を図る。2017年13勝のマーカス・ストローマンが先発陣の柱で、剛腕ケン・ジャイルズがクローザーを務める。打線はジャスティン・スモーク、ケンドリー・モラレスの両スイッチヒッターがけん引する。2018年にデビューしたルルデス・グリエルはアストロズのユリ・グリエルの実弟。また、かつての強打者ブラディミール・ゲレーロの息子ブラディミール・ゲレーロJrは、MLB公式サイト認定の2019年若手有望株ランキングで1位に輝いた注目の三塁手。