1969年の球団拡張に伴って創設。創設から6年連続で地区最下位に沈み、一時はワシントン移転の危機にさらされた。

　1984年にトニー・グウィン、スティーブ・ガービーらの活躍で初の地区優勝。そしてカブスを下してリーグを制すが、ワールドシリーズではタイガースに敗れた。ブルース・ボウチー監督就任2年目の1996年にはケン・カミニティらの活躍で2度目の地区優勝を果たした。

　1998年には通算211勝の右腕ケビン・ブラウン、メジャー歴代2位の601セーブを挙げたクローザーのトレバー・ホフマン、50本塁打を放ったグレグ・ボーンらを擁し、3度目の地区優勝。さらにブレーブスを下してリーグ優勝を果たすが、トーリ監督率いるヤンキースに4タテされ、ワールドシリーズで敗れた。

　新球場がオープンした2004年には大塚晶則が加入し、ホフマンにつなぐセットアッパーとしてチーム最多タイの73試合に登板。2005年にはエースのジェーク・ピービ、好打者ブライアン・ジャイルズらの活躍で7年ぶりの地区優勝。2006年は新加入のエイドリアン・ゴンザレスが打線の軸となり、地区連覇。しかし、2年連続でカージナルスに地区シリーズで敗れ、ボウチー監督も退任した。

　バド・ブラック監督就任4年目の2010年はあと1勝まで迫りながら目前でプレーオフ進出を逃し、以降は優勝争いから無縁のシーズンを続けている。チームを支えたゴンザレスも2010年限りでチームを去った。

　2014年オフにはジャスティン・アップトン、マット・ケンプ、クレイグ・キンブレル、ジェームズ・シールズらを獲得するも、補強策は実らず、2015年はシーズン中に2度も監督交代劇があった。2017年には期待の外野手ウィル・マイヤーズを獲得し、2018年も強打の一塁手エリク・ホスマーや牧田和久が加入するも、チーム状況は改善されず。

　2018年は2桁勝利投手不在、3割打者不在と投打に精彩を欠き、地区最下位に沈んだが、オフに二塁手イアン・キンズラーに続いて、FA史上最高額となる10年3億ドルの大型契約でFA市場の目玉選手だった遊撃手マニー・マチャドの獲得に成功。一躍、2019年の注目チームとなった。

　また、マイナー組織が充実し、若手有望株が多いことは明るい材料。2019年のMLB公式サイト認定の若手有望株トップ100に、30球団最多の10人がランク入りした。かつて日本ハムでプレーしたアンディ・グリーン監督が就任４年目の指揮を執る。