ア・リーグ創設の1901年に誕生したワシントン・セネタースが前身。1924年に通算417勝の大投手ウォルター・ジョンソンらが原動力となって初のワールドシリーズ制覇を果たす。

　その後は1933年のリーグ優勝を最後に低迷期に入り、観客動員も不振が続き、1961年に本拠地を首都からミネアポリスに移転。チーム名もツインズに改称した。チーム名はミシシッピ川を挟んで隣接するミネアポリスとセントポールがツインシティを形成していることが由来となっている。

　1965年にツインズ改称後、初のリーグ優勝。1969年からは地区連覇を果たすが、その後、優勝から遠ざかるシーズンが続く。1982年にメトロポリタン・スタジアムからメトロドームに本拠地を移し、1987年にカービー・パケットや地元出身のケント・ハーベックらの活躍で53年ぶりにワールドシリーズを制覇し、ようやく低迷期を脱出。1990年は一転して地区最下位に沈むも、1991年にはスコット・エリクソンやシェーン・マックらの活躍で世界一に輝き、メジャー史上初の前年最下位からのワールドシリーズ制覇を果たした。

　1993年からは8年連続で負け越し、観客動員も苦しんでいたことから一時は球団削減の対象となるも、ロン・ガーデンハイアー監督が就任した2002年から地区3連覇。サイ・ヤング賞2度の左腕ヨハン・サンタナやゴールデングラブ賞の常連となるトリー・ハンターらのスター選手も誕生した。2009年には地元出身のジョー・マウアーが首位打者とMVPに輝く活躍を見せ、2010年には新球場ターゲット・フィールドがオープンした。

　2011年からは下位に沈み、ガーデンハイアー監督が2014年に退任。2015年にポール･モリター監督が就任し、8年ぶりにチームに復帰したハンターが最後の花道を飾った。2017年にブライアン・ドジャーやミゲル・サノらの活躍で7年ぶりにプレーオフに進出した。2018年は好スタートを切ったものの、4月下旬に8連敗を喫し、ズルズルと後退。長年チームを支えたマウアーもシーズン後に現役生活にピリオドを打った。

　ロッコ・バルデリ新監督が就任した2019年は、ドジャーに代わる二塁手としてジョナサン・スクープ、中軸候補として5年間で203本塁打の強打者ネルソン・クルーズ、2018年30本塁打のC.J.クローンを補強して攻撃面を強化。その策が当たり、両リーグトップのチーム307本塁打、両リーグ2位のチーム打率.270を記録して9年ぶりに地区優勝。バルデリ監督は就任1年目で最優秀監督賞に輝いた。クルーズの41本塁打を筆頭に、マックス・ケプラーが36本塁打、サノが34本塁打、エディ・ロサリオが32本塁打、ミッチ・ガーバーが31本塁打と打ちまくったほか、投手陣もリーグ5位の防御率を記録するなど、投打のバランスが取れていた。

　2020年はメジャー屈指の三塁手ジョシュ・ドナルドソン、先発候補として前田健太を獲得。前田は6勝、防御率2.70という好成績でサイ・ヤング賞争いにも加わる活躍でエースに君臨。ドナルドソンは打率こそ低かったものの、高出塁率をマークし、ベテランのクルーズも16本塁打を放ち、打線の軸として力を発揮した。そしてチーム防御率リーグ3位の投手陣とチーム本塁打リーグ3位の打撃陣がかみ合い、インディアンス、ホワイトソックスとのデッドヒートを制して地区2連覇。しかし、ポストシーズンではワイルドカードシリーズでアストロズに敗れた。

　地区3連覇が懸かる2021年は左腕J.A.ハップを獲得し、先発ローテーションの左腕不足を解消。前田、ホセ・ベリオス、マイケル・ピネダ、前ブルージェイズの右腕マット・シューメーカーらが先発陣に加わる。また、クローザー候補として通算138セーブをマークしている前ホワイトソックスのアレックス・コロメを獲得。左腕テーラー・ロジャース、右腕タイラー・ダフィーらの中継ぎ陣も安定し、ブルペンの増強にも成功した。打線は再契約したクルーズ、ドナルドソンのほか、サノ、ロサリオ、ケプラー、バイロン・バクストンら一発のある打者がそろい、ホルヘ・ポランコら巧打者たちがその脇を固める。さらにメジャー屈指の遊撃守備を誇るアンドレルトン・シモンズの獲得にも成功し、地区3連覇へ向けてぬかりはない。その先には30年ぶりのリーグ制覇を見据えている。