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　ア・リーグ創設の1901年に誕生したワシントン・セネタースが前身。1924年に通算417勝の大投手ウォルター・ジョンソンらが原動力となって初のワールドシリーズ制覇を果たす。

　その後は1933年のリーグ優勝を最後に低迷期に入り、観客動員も不振が続き、1961年に本拠地を首都からミネアポリスに移転。チーム名もツインズに変更した。チーム名はミシシッピ川を挟んで隣接するミネアポリスとセントポールがツインシティーを形成していることが由来となっている。

　1965年にツインズ改称後、初のリーグ優勝。1969年からは地区連覇を果たすが、その後、優勝から遠ざかるシーズンが続く。1982年にメトロポリタン・スタジアムからメトロドームに本拠地を移し、1987年にカービー・パケットや地元出身のケント・ハーベックらの活躍で53年ぶりにワールドシリーズを制覇し、ようやく低迷期を脱出。1990年は一転して地区最下位に沈むも、1991年にはスコット・エリクソンやシェーン・マックらの活躍で世界一に輝き、メジャー史上初の前年最下位からのワールドシリーズ制覇を果たした。

　1993年からは8年連続で負け越し、観客動員も苦しんでいたことから一時は球団削減の対象となるも、ロン・ガーデンハイアー監督が就任した2002年から地区3連覇。サイ・ヤング賞左腕ヨハン・サンタナやゴールデングラブ賞の常連となるトリー・ハンターらのスター選手も誕生した。2009年には地元出身のジョー・マウアーが首位打者とMVPに輝く活躍を見せ、2010年には新球場ターゲット・フィールドもオープンした。

　2011年からは下位に沈み、ガーデンハイアー監督が2014年に退任。2015年にポール･モリター監督が就任し、8年ぶりにチームに復帰したハンターが最後の花道を飾った。2017年にブライアン・ドジャーやミゲル・サノらの活躍で7年ぶりにプレーオフに進出した。

　2018年は好スタートを切ったものの、4月下旬に8連敗を喫し、ズルズルと後退。長年チームを支えたマウアーもシーズン後に引退を表明した。オフに入ると、シーズン中に放出したドジャーに代わる二塁手としてジョナサン・スクープ、中軸候補として5年間で203本塁打の強打者ネルソン・クルーズ、2018年30本塁打のC.J.クロンをそれぞれ獲得するなど攻撃面を補強。2019年はロッコ・バルデリ新監督の下、9年ぶりの地区優勝を目指す。